هادی غفاری از طیف روحانیونی بود که در دهه شصت هر چند از حمایت آیت الله خمینی برخوردار بود اما در دو دهه بعد بسیار منزوی شد. چون سابقه تندروی‌های ابتدای دهه شصت را داشت، هرگز مجال حضور نیافت. دوبار تلاشش برای نمایندگی هم به نتیجه‌ای نرسید. در تیر ماه ????، هادی غفاری سخت به عملکرد آیت الله خامنه‌ای معترض است. در یک سخنرانی با حضور مهدی کروبی، آیت الله خامنه‌ای را بی تدبیر و بی سواد اعلام می‌نماید و او را مسئول بی حیثیتی روحانیت دانست.

وی در جلسه‌ای با حضور کروبی با انتقاد شدید از آیت الله خامنه‌ای، نکاتی را در مورد مواضع آیت الله خامنه‌ای در مورد انتخابات و حمایت از احمدی نژاد گفت.

وی در این جلسه گفت: “جناب آقای خامنه ای در هیچ تاریخی به اندازه امروز روحانیت له نشد. امروز ثمره ی رهبری جنابعالی بی حیثیت شدن روحانیت است. جناب آقای خامنه ای! اشتباه میفرمایید! من به ولایت فقیه اعتقاد دارم، بیش از آقای خامنه ای. به صراحت تاریخ! [خطاب به کروبی] جناب آقای کروبی، من مسئول حرفهای خودم، خودم هستم. از همین جا هم حاضر هستم هر سلولی بروم. من بدنم با سلول آشناست. سالهای سال. جناب آقای خامنه ای! من بیش از شما به ولایت فقیه اعتفاد دارم. امام به من نگفت شما ولایت فقیه را نمی شناسید ولی به جنابعالی گفتند. من همان روز را هم یادم هست. من در کرمان بودم، جناب آقای جهانگیری، عبدالله نوری، مجید انصاری، دکتر احمدی، مهندس الویری همه در فرودگاه کرمان بودیم، بیانیه امام را خواندند مبنی بر اینکه ولایت فقیه آن چیزی نیست که شما میگید. ما اونروز اونا رو قبول داشتیم و شما نداشتید! بنابراین این لکه به ما نمیچسبد و دنبال این نباشید که به ما لکه ضد ولایت فقیه را بچسبانید. ممکن است ما نسبت به ولی فقیه زمان حرف داشته باشیم و داریم، بی هیچ خوف و ترسی هم میگم. برای اینکه هیچ کس در ایران جرات نداره که به من بگه من وابسته به خارج از کشور هستم. من گوشت و پوست و استخوانم قربانی یک وجب خاک وطن کشورمه، سگ امریکا که باشد که مرا به اجنبی و اجنبی دوستی متهم کند. وی در انتها با ذکر خاطره یی از شیخ عبدالکریم حائری خطاب به خامنه ای گفت: مقطعاتت خوب بود، مرده شور ترکییت را ببره .